Pada 19 April, 2007, Atlus Japan telah mengeluarkan sebuah disk tambahan untuk Persona 3 berjudul Persona 3 FES (ペルソナ3フェス, Perusona 3 Fesu). Sebuah versi "director's cut", yang terdiri daripada Persona 3 dan Persona 3 FES, dikeluarkan pada hari yang sama. Menurut pengarah permainan videonya, iaitu Katsura Hashino, ringkasan perkataan "FES" dikatakan berasal daripada perkataan "festival".[17]

FES. selain daripada tambahan besar ke atas kandungan judul utamanya (permainan dan juga kisahnya), mengandungi sebuah kisah sambungan berjudul Episode Aegis, memberi masa selama tiga puluh jam lagi ke atas masa mainan.[18] Apabila memulakan permainan yang baru, para pemain diberi pilihan untuk memilih sama ada Episode Yourself ataupun Episode Aegis. Episode Yourself merupakan permainan video utamanya dengan beberapa objektif sekunder tambahan dan lain-lain, manakala Episode Aegis pula boleh dianggap sebagai sebuah sambungan, mempamerkan Aegis sebagai watak utamanya, dan penghujung yang sebenar. FES juga mengandungi pakaian-pakaian tambahan dan sebuah sistem sintesis senjata baru, dua puluh tiga Persona tambahan, dan sebuah mod setting tahap hard (Persona 3 yang asal hanya mempunyai mod Easy (Mudah) dan Normal (Biasa) sahaja).

Keluaran Persona 3 versi Amerika Utara tidak mengandungi kandungan daripada FES, mahupun Atlus tidak menyatakan tentang kemustahilan keluaran FES di sana pada masa akan datang.[perlu rujukan] Pada 19 Oktober, 2007, sebuah rujukan kepada "Pakej Pengembangan Persona 3" ditampal di sebuah laman web pelakon alihan suara profesional iaitu Steve Prince (yang melakukan alihan suara untuk watak Takaya dalam versi Amerika Utara Persona 3) di bawah judul "GAMES TO WATCH OUT FOR", mencadangkan bahawa versi Inggeris Persona 3 FES adalah sedang dikemaskinikan dengan Prince mendedahkan nama watak yang dimainkannya di dalam judul permainan video: "Takeharu, Vice Police Detective." Sejurus selepas "kebocoran" maklumat ini di forum permainan video online NeoGAF, rujukan tersebut dibuang. Selain itu, laman web pelakon suara latar kepada watak Arihiko dalam versi bahasa Inggeris, iaitu Liam O’Brien, dikemaskinikan untuk menyenaraikan Persona 3: FES -- dan serupa kepada resume Prince, ini juga dikeluarkan selepas kewujudanya bocor kepada pengguna awam. Namun, dalam isu Februari 2008 EGM, Persona 3 FES dikatakan akan dikeluarkan di Amerika Utara.[19]

Pada tanggal 18 Februari, 2008, Atlus meletakkan satu kiraan countdown di laman web rasmi mereka yang kelihatan cukup serupa kepada salah satu babak pembuka dalam Persona 3. Iklan-iklan juga muncul yang menunjukkan kiraan yang sama seperti yang dilihat pada laman Atlus, disertakan dengan logo Atlus bersama-sama lengan seseorang memegang Evoker. Ini dikhabarkan sebagai berita kepada pengumuman FES di Amerika.[20]

Pada 25 Februari, 2008, Atlus telah secara rasminya mengumumkan bahawa Persona 3: FES akan dijadualkan keluarannya di Amerika Utara pada 22 April, 2008.[21]

Plot FES

Sebulan selepas kejadian yang berlaku dalam Persona 3, ahli-ahli SEES yang tinggal berasa pilu dan sedih di atas berita yang mereka terima. Watak Utama, yang telah jatuh dalam keadaan koma, baru sahaja meninggal dunia. Bukan itu sahaja, malah dorm yang dihuni mereka akan ditutup. Apabila mereka semua bersiap-sedia untuk beredar, Mitsuru telah mengadakan sebuah parti selamat tingal. Meskipun Yukari dan Akihiko tidak dapat menghadiri parti tersebut, ahli-ahli SEES yang lain, termasuklah Aigis, menyambut parti itu bersama-sama. Walau bagaimanapun, di atas sebab-sebab yang tidak diketahui, tarikh yang tertera di kaca televisyen dan telefon bimbit mereka masih berada pada tanggal 31 Mac, 2010.

Pada tengah malam apabila semua orang telah bersedia untuk tidur, Aigis terjaga daripada tidurnya dan menemui seekor rama-rama biru di dalam biliknya. Rama-rama itu mendekati tapak tangan Aigis dan hilang apabila Fuuka memanggil namanya. Aigis dan Fuuka menuju ke tingkat satu dan terserempak dengan sebuah makhluk yang aneh, yang telah menyerang Aigis. Musuhnya itu, yang menggelar dirinya sebagai "Metis," mengaktifkan Orgia Mode dan menyerang Aigis menggunakan tukulnya. Metis menyerang Ken dan Aigis mula melihat bayangan "dia". Persona Aigis, iaitu Athena, menerkam ke arah Metis namun berubah menjadi Orpheus. Menggunakan Persona baru, Orpheus mencipta sejenis bunyi yang bernada tinggi yang telah mematikan sistem Aigis dan Metis buat sementara waktu. Apabila Aigis terjaga dia dilihat sedang duduk di atas kerusi, dan menerima ucapan selamat datang ke Velvet Room oleh Igor. Igor lalu memberitahu Aigis bahawa mereka berkongsi sebuah takdir yang sama, dan menjelaskan mengapa Orpheus telah menjawab seruannya.

Selepas menyedarkan diri dan berada di ruang tamu, Aigis dan ahli SEES yang lain telah menyoal-siasat Metis yang diikat pada kerusi. Metis yang menggelar dirinya sebagai adik Aigis berkata bahawa dia telah datang untuk menghapuskan kejadian waktu yang berhenti ini dengan percubaan membunuh setiap satu manusia di dorm tersebut kecuali Aigis. Selepas berbual panjang dengan ahli yang lain, menjelaskan sebab mengapa tarikh pada hari tersebut tidak berganjak, Metis menunjukkan Abyss of Time ataupun "Jurang Waktu", sebuah ruang berselirat misteri yang berhubung terus di bawah dorm. Untuk mengembalikan masa dunia mereka kepada yang asal, ahli-ahli SEES harus mengetahui lebih lanjut lagi tentang Abyss of Time dan mengembara jauh ke dasarnya. Aigis dipilih sebagai ketua kumpulan mereka kali ini disebabkan kebolehan barunya untuk menyeru beberapa Persona. Namun, makhluk selain daripada Metis juga mendiami Abyss of Time.

Apabila mereka mengembara lebih dalam lagi di dalam jurang tersebut, mereka berhadapan dengan makhluk shadow serta Watak Utama, namun peliknya dia sebenarnya juga merupakan makhluk shadow dengan Personanya tersendiri, iaitu Dark Athena. Selepas mengalahkan makhluk tersebut mereka diberitahu tentang kewujudan sebentuk "kunci" yang boleh membawa mereka ke masa lampau, masa kini atau masa hadapan. Dengan maklumat ini, mereka mula bertekak di antara satu sama lain tentang "kunci" tersebut. Sesetengah daripada ahli SEES itu ingin menyambung semula kehidupan mereka, namun terdapat juga mereka yang ingin membantu Watak Utama dalam pertarungan terakhir dan menghalangnya daripada mengalami keadaan koma, seperti Yukari. Aigis dan Metis menentang ahli-ahli SEES yang lain untuk mendapatkan kunci mereka, yang akhirnya bersatu menjadi satu. Aigis memutuskan bahawa dia tidak berupaya membuat pilihan sama ada ingin mematah balik masa ataupun bergerak ke hadapan, tanpa melihat terlebih dahulu penyebab kematian Watak Utama. Mereka menggunakan pintu terakhir yang muncul di hadapan mereka untuk melihat masa lampau, dan menyedari bahawa dia telah mengorbankan dirinya untuk menjadi perisai yang mengunci Nyx, justeru menghalangnya daripada menghancurkan dunia.

Namun begitu, Metis mengatakan bahawa sebuah perisai tidak diperlukan untuk menghalang Nyx (disebabkan Nyx tidak akan membahayakan nyawa manusia melainkan manusia sendiri yang inginkannya), dan mungkin sekali pengorbanannya adalah untuk satu sebab yang lain. Akan tetapi belum sempat mereka mengetahui sebabnya, parti mereka diganggu oleh suatu makhluk yang dikatakan telah lahir daripada perasaan-perasaan keji daripada mereka di seluruh dunia yang telah inginkan kematian, ataupun berasa bahawa mereka telah kehilangan keinginan untuk meneruskan kehidupan. Mereka ini berasa aman dalam kematian mereka yang mungkin sekali berlaku, dan mendayu-dayu memanggil nama Nyx dan menghajatkan berlakunya The Fall.

Makhluk yang muncul di hadapan mereka itu bergelar Erebus.

Kemudian mereka didedahkan kepada peranan SEBENAR perisai yang telah mengambil nyawa Watak Utama itu; bukannya untuk menghalang Nyx daripada manusia, tetapi sebagai pendorong kepada manusia supaya tidak dapat memanggil Nyx dan tidak membenarkan Erebus memenuhi hajat manusia meminta Nyx menghancurkan dunia. Walau bagaimanapun, perasaan jahat di dalam jiwa manusia telah terkumpul dan melahirkan Erebus buat bertahun-tahun lamanya, sejak lahirnya manusia lagi. Akhirnya kewujudannya lengkap, dan tugasnya dijalankan.

Erebus kemudian telah cuba untuk menembusi perisai tersebut, dan menghancurkan dunia. Apabila akhirnya menyedari bahawa keinginannya itu tidak boleh tercapai, Erebus telah cuba untuk menyerang ahli SEES termasuk Aigis dan Metis pula. Mereka yang tidak mahu melihat perisai tersebut ditembusi, terpaksa bertarung dengan makhluk gergasi tersebut.

Selepas menewaskan Erebus, mereka menggunakan kunci yang berada di tangan Aigis untuk mengembalikan semuanya kepada yang asal, tetapi mereka semua akhirnya tiba di Velvel Room. Metis sebenarnya bukanlah android sebenar, sekadar bayangan yang lahir daripada keinginan Aigis untuk kekal sebagai manusia, yang telah dibuang oleh dirinya sendiri. Ini menjelaskan sebab Aigis tidak mampu bermimpi baru-baru ini dan sebab utama Metis sentiasa berasa 'sunyi'. Aigis dan Metis bercantum menjadi satu kembali namun Aigis mula berasa letih sepertimana yang dirasai oleh Watak Utama beberapa ketika sebelum dirinya jatuh dalam keadaan koma.

Tarikh menunjukkan bahawa ia 1 April, 2010. Semua orang telah terjaga daripada tidur di ruang tamu di dorm mereka, dengan hati yang lega kerana masalah mereka telah diselesaikan, namun Aigis masih dibuai tidur. Yukari mencuba untuk mengejutkannya namun mula berasa panik, memikirkan nasib yang menimpa Watak Utama akan menimpa Aigis pula. Dengan membawa Aigis kembali ke biliknya, Fuuka telah cuba untuk mengenalpasti masalah yang dihadapi Aigis menggunakan alat-alat miliknya sendiri. Litar-litar utama Aigis telah terbakar. Mitsuru mencadangkan bahawa Aigis kemungkinan harus dibawa ke makmal untuk dibaiki namun jika perkara tersebut berlaku, Aigis yang mereka kenal akan kehilangan semua memorinya. Ajaibnya, Aigis terjaga di dalam biliknya bersama-sama rakan-rakannya yang lain disampingnya. Matahari terbit pada pagi itu dan setiap seorang ahli SEES berada di ruang tamu dengan bagasi mereka. Junpei terjatuh di tangga apabila dia ingin membawa semua begnya pada waktu yang sama dalam satu adegan yang lucu.

Aigis membuat keputusan lewat bahawa dia ingin menyambung pembelajarannya bersama-sama rakan-rakannya di sekolah, dan berputus untuk meninggalkan niatnya untuk kembali ke makmal. Mitsuru mengubah destinasi mereka dan memberitahu pemandunya supaya menuju ke Dewan Tatsumi di sekolah mereka. Mereka semua meninggalkan dorm tersebut dan ia dikunci oleh Aigis. Apabila Aigis ingin melangkah turun anak tangga di Dorm mereka, Yukari mengajak Aigis menjadi rakan sebilik dengannya dan menyambut tangan Aigis. Aigis dilihat berada di atap Sekolah Menengah Gekkoukan, memandang ke arah langit yang biru, dengan senyuman dan hati yang cekal, melihat pergerakan masa yang indah dan bermakna.